10 Hafta
Sektörden Mentorler
5+ Proje
7/24 Destek
Sertifika
Eğitmen
PROGRAM
Biyoinformatik Bootcamp
Hafta 1 4 Saat
Büyülü Bir Dil Öğrenme Zamanı: Python ile Bilgisayarların Dünyasına Giriş!
Harry Potter Parseltongue analojsi:
Tıpkı büyülü bir dünya olan Hogwarts'da sıradan bir çocuk olan Harry Potter'ın Parseltongue ile yılanlarla konuştuğunu keşfettiği gibi, siz de bilgisayarlarla konuşmanın gizemli dilini, Python'u öğreneceksiniz. Harry Parseltongue’la yılanlar dünyasına giriş yaptı, Python ise size dijital dünyanın kapılarını aralayacak. Düşünsenize, öyle bir dil ki, sadece birkaç satır yazarak düşüncelerinizi dijital bir gerçekliğe dönüştürebilirsiniz. Python öğrenmek, size kendi büyü çubuğunuzla bilgisayarları kontrol etme gücünü verir. Haydi canlanın, büyü çubuklarınızı (klavyelerinizi) elinize alın ve bu büyülü dijital dünyada yepyeni bir maceraya atılın!
Hafta 2 4 Saat
Biyoinformatikle Geleceğe Bir Yolculuk: Snakemake Boru Hatları Kullanımı
Biyoinformatik, biyolojik verinin bilgisayar teknolojisiyle yorumlanmasını sağlayan, hem biyoloji hem de bilgisayar bilimlerini kapsayan hibrit bir alandır. Geçtiğimiz yıllarda, genetik ve protein bilgisi üzerindeki bilimsel bilgi birikiminin katlanarak artması, bu alana olan ihtiyacı daha da belirgin hale getirdi. Bu bilgiler ışığında, genetik ve proteomik veri analizi üzerine odaklanan çeşitli alanlarda göz alıcı gelişmeler gözlemlenmektedir. Şimdi bu konuyu biraz daha ilginç hale getirelim ve bu konulara bir bilim kurgu dokunuşu ekleyelim.
Hafta 3 4 Saat
Biyoinformatik Simyacıları: Ham Veriden Altın Bilgiye Dönüşüm
Biyoinformatik veritabanları ve metodları:
Biyoinformatik, bir simyacı'nın laboratuvarındaki gizemli süreçlere benzer şekilde, veriyi anlamlı bilgiye dönüştürür. Kırılgan metalleri altına dönüştürme sanatı simyada olduğu gibi, biyoinformatikçiler de gen veya protein sekansları gibi ham verileri biyolojik hikayelere çevirirler. Veri temizleme, simyada saflaştırma işlemine benzer, hataları ayıklar ve eksiklikleri tamamlar. Bunu takiben veri dönüşümü, altın yaratma süreci gibidir; DNA dizilerini analize uygun formatlara çevirir. Sonuçta ise 'altın' elde edilir; gen işlevlerini anlama veya hastalıklara sebep olan genetik varyasyonları bulma gibi değerli bilgiler.
Hafta 4 4 Saat
Biyoinformatik Uzay Gemisi
Biyoinformatikte Veritabanları, API'ler ve Yazılım Araçları: Uzay Analojisi:
Haydi şimdi aşağıdaki terimleri tanımlanan yazılım araçları ile eşleştirelim;
NCBI, Blast, biopython, SeqIO, Seq, pandas, inteproscan, IPR, protein sequence
NCBI - Veritabanı: Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi (NCBI), GenBank gibi biyolojik veritabanlarına erişim sağlayan bir kurumdur. Örneğin, GenBank'te her biri DNA dizilerini temsil eden milyonlarca kayıt bulunur.
Blast - Yazılım Paketi: BLAST (Basic Local Alignment Search Tool), genetik diziler arasında benzerlik aramaları yapmak için kullanılan bir yazılım paketidir. Örneğin, belirli bir DNA dizisiyle ilgili olarak diğer veritabanındaki benzer dizileri araştırmak için BLAST aracını kullanabilirsiniz.
Hafta 5 4 Saat
Biyogenetik Bulmaca: Genom Montajı
Genom Montajı, Yeni jenerasyon dizilime teknolojileri:
Biyoinformatik dünyası, genetik bilginin keşfedilmesinde büyüleyici bir macera sunar. Hepimiz çocukluğumuzdan hatırlarız, Humpty Dumpty'nin bir duvarın üstünde oturduğunu ve ne yazık ki düşüp parçalandığını. Aynı şekilde, genom da karmaşık bir yapboz gibidir. Genetik bilginin büyük bir bölümü bu yapbozun içinde saklıdır. Humpty Dumpty, yumurta olarak genomu temsil eder - genetik bilginin geniş bir koleksiyonu. Genom dizilimi, Humpty Dumpty'nin parçalanmış parçalarını dikkatlice bir araya getirme sürecine benzer. Bilim insanları DNA parçacıklarını titizlikle diziler ve analiz eder, tıpkı Humpty Dumpty'nin kabuk parçalarını orijinal şekline yerleştirmeye çalıştıkları gibi.
Hafta 6 4 Saat
Karşılaştırmalı Genomik: Genom Etiketleri
Parazit yaşam’dan özgürlüğe kaçışın hikayesi H. inflata :
Genom etiketleri, domain, aile, süperaile
Bir sanat sergisine katıldığınızı ve iki ayrı ancak ilgili sanat eserini incelediğinizi hayal edin. Ancak bu sanat eserleri resim veya heykel değil, diplomonad adı verilen protistlerin iki farklı türü olsun: Özgür yaşayan bir organizma olan Hexamita inflata ve parazitik bir organizma olan Giardia intestinalis. Hexamita inflata'nın tuvali, yani genomu, özgür ruhlu bir sanatçının hayatını çizen renklerin ve formların girdabı gibidir. Daha geniş bir genetik repertuara, çeşitli renk paletine benzer şekilde sahip olması, çeşitli çevrelerde hayatta kalabilmesine ve besinlerini çeşitli kaynaklardan elde edebilmesine olanak sağlar. Bunu yapmasına izin veren genler, bağımsızlığını ve uyum yeteneğini ortaya koyan detaylı fırça darbeleri gibidir.
Hafta 7 4 Saat
Genomik Orkestra: Dizi Karşılaştırma ve Kümeleme
Karşılaştırmalı genomik analizler:
Çiftli dizi karşılaştırma ve ortolog kümeleme, karşılaştırmalı genetik incelemesinde farklı enstrümanları kullanmak gibidir. Her biri, Hexamita inflata ve Giardia intestinalis gibi özgür yaşam ve parazit diplomonadların genetik eserlerini farklı açılardan incelememize yardımcı olur.
Hafta 8 4 Saat
Dünya’nın ‘Genomu’ : Genomik Uzay Mimarisi
Genomik analizler
Haydi biyoloji ve astrofizik kavramlarını birleştiren bir senaryo hayal edelim:
Dünyamız, tıpkı bir yaşam formu gibi, farklı yaşam alanlarını dolduran organizmalar gibi gök cisimleriyle dolu geniş kozmosa yerleştirilmiştir. Organizmaların zamanla çevrelerine olan evrimsel adaptasyonları, Dünya gibi gök cisimlerinin kendi göksel çevrelerindeki durumlara nasıl uyum sağladığına benzetilebilir.
Bu benzetmede, asteroid çarpışmaları mutasyonlar, genetik rekombinasyon ve yatay gen transferi gibi, bir organizmanın genetik koduna yeni elementler ekleyen olaylarla eşleştirilebilir. Bu 'çarpışmalar' bazen zararlı (deleterious mutasyonlar veya genetik hastalıklar gibi), bazen nötr (sessiz mutasyonlar) veya ara sıra avantajlı olabilir (faydalı özelliklere yol açan pozitif mutasyonlar).
Dünyamız, oluşumundan bu yana sayısız asteroidle karşılaştı, tıpkı bir organizmanın yaşamı boyunca sayısız genetik değişiklik geçirmesi gibi. Bu çarpışmaların bazıları gerçekten önemli olaylara yol açmıştır, örneğin dinozorların yok olması, hızlı evrim ve biyoçeşitliliği tetiklemiştir, bu da gen çoğaltma gibi olaylara benzer işlevsel çeşitliliğe yol açar
Projeler
Biyoinformatik Bootcamp
3. Dönem Biyoinformatik Bootcamp programı 15 Nisan ile 8 Temmuz tarihleri arasında gerçekleştirilecektir.
Biyoinformatik Bootcamp
Şimdi başlamaya hazır mısın?
Öğrenmeye bugün başla - şimdi senin zamanın.
Şimdi Başvur